常见引物序列及相关数据（菌种鉴定）
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|
所属类别 |
名称 |
序列5'→3' |
长度 |
MW |
Tm/ºC |
RDP匹配情况—非特异 |
|
细菌 |
8F |
AGAGTTTGATCATGGCTCAG AGAGTTTGATCCTGGCTCAG AGAGTTTGATCMTGGCTCAG |
20 20 20 |
6125 |
57.8 |
21114/690149 112729/706103 147961/836814 |
|
|
27F
27FM |
AGTTTGATCATGGCTCAG AGTTTGATCCTGGCTCAG AGTTTGATCMTGGCTCAG |
18 18 18 |
5485 |
55.02 |
27693/690149 139957/836814 167795/836814 |
|
|
50F |
AACACATGCAAGTCGAACG ACACATGCAAGTCGAACG AACACATGCAAGTCGAAC ACACATGCAAGTCGAAC |
19 18 18 17 |
|
|
125623/690149 148982/706103 25951/690149 145627/690149 |
|
|
338F |
ACTCCTACGGGAGGCAGC |
18 |
|
|
482403/706103 |
|
|
341F |
CCTACGGGAGGCAGCAG |
17 |
5239 |
54 |
561521/836814 |
|
|
357F |
CTCCTACGGGAGGCAGCAG |
19 |
|
|
481725/706103 |
|
|
517F |
GCCAGCAGCCGCGGTAA |
17 |
5200 |
54 |
499021/706103 |
|
|
|
CAGCAGCCGCGGTAATAC |
18 |
|
|
460959/706103 |
|
|
|
ACTCCTACGGGAGGCAGCAG |
20 |
|
|
480068/706103 |
|
|
968F |
AACGCGAAGAACCTTAC |
17 |
|
|
227055/706103 |
|
|
1055F |
ATGGCTGTCGTCAGCT |
16 |
|
|
198160/706103 |
|
|
341R |
CTGCTGCCTCCCGTAGG |
17 |
5164 |
54 |
561521/836814 |
|
|
513R |
CGCGGCTGCTGGCACGTA |
18 |
|
|
245632/706103 |
|
|
517R |
TTACCGCGGCTGCTGGC |
17 |
|
54 |
585412/836814 |
|
|
518R |
ATTACCGCGGCTGCTGG |
17 |
|
|
545228/836814 |
|
|
519R |
GTATTACCGCGGCTGCTG |
18 |
|
53 |
541216/836814 |
|
|
907R |
CCGTCAATTCCTTTGAGTTT CCGTCAATTCATTTGAGTTT CCGTCAATTCMTTTGAGTTT CCGTCAATTCCTTTAAGTTT CCGTCAATTCATTTAAGTTT CCGTCAATTCMTTTRAGTTT |
20 20
20 19
|
|
|
306382/ 706103 56371/706103
2707/690149 116/690149
|
|
|
|
TGAATTGACGGGGGCCCG |
|
|
|
|
|
|
1066R |
ACATTTCACAACACGAGCTG |
20 |
|
|
21273/706103γ-Proteobacteria 特异性 |
|
|
1330R |
TAGCGATTCCGACTTCA |
17 |
|
|
89082/706103 |
|
|
1385R |
CGGTGTGTACAAGACCC |
17 |
|
|
46267/706103 |
|
|
1392R |
ACGGGCGGTGTGTAC |
15 |
4632 |
56.3 |
196284/690149 |
|
|
1401R |
CGGTGTGTACAAGACCC |
17 |
|
|
46267/706103 |
|
|
1492R |
ACGGATACCTTGTTACGACTT GTTACCTTGTTACGACTT GCTACCTTGTTACGACTT GHTACCTTGTTACGACTT |
18 18 |
5435 |
50.5 |
30582/706103 52362/706103 |
|
|
1495R |
CTACGGCTACCTTGTTACGA |
20 |
6045 |
57.8 |
10129/690149 |
|
|
1513R |
TACGGTTACCTTGTTACGACTT CGGTTACCTTGTTACGACTT TACGGTTACCTTGTTACG ACGGTTACCTTGTTACGA CGGTTACCTTGTTACGAC GGTTACCTTGTTACGACT GTTACCTTGTTACGACTT TTACCTTGTTACGACTT GTTACCTTGTTACGACT |
22 20 18 18 18 18 18 17 17 |
|
|
10033/690149 13181/706103 10268/706103 12207/706103 13266/706103 29502/706103 30582/706103 34392/706103 30687/706103 |
|
|
1521R |
AAGGAGGTGATCCAGCC |
17 |
5225 |
57.0 |
13792/706103 |
|
放线菌 |
Act243F |
GGATGAGCCCGCGGCCTA |
18 |
|
|
8519/706103-115 |
|
|
341F |
CCTACGGGAGGCAGCAG |
17 |
|
|
51252/66797 |
|
|
357F |
CTCCTACGGGAGGCAGCAG |
19 |
|
|
41992/54945- 439732 |
|
|
Act513R |
CCGCGGCTGCTGGCACGTA |
19 |
|
|
39303/54945-206008 |
|
|
Act704R |
TCTGCGCATTTCACCGCTAC |
20 |
|
|
23525/54945-5812 |
|
古菌 |
A21F |
TTCCGGTTGATCCTGCCGGA |
20 |
|
|
2899/34593-1 |
|
|
A21F-2 |
CCGGTTGATCCTGCCGGA |
18 |
|
|
4227/34593-1 |
|
|
A21F-3 |
CGGTTGATCCTGCCGGA |
17 |
|
|
4316/34593-1 |
|
|
A25F |
CTGGTTGATCCTGCCAG |
17 |
|
|
976/34593-0 |
|
|
A109F |
ACCGCTCAGTAACACGT ACTGCTCAGTAACACGT ACTGCTCAGTAACACG CTGCTCAGTAACACGT CTGCTCAGTAACACG |
17 17 16 16 15 |
|
|
446/33890 4192/33890 4371/33890 4227/33890 4406/33890 |
|
|
A112F |
GCTCAGTAACACGTGG |
16 |
|
|
9898/34593 -6 |
|
|
A333F |
TCCAGGCCCTACGGGG |
16 |
|
|
9024/34593-1 |
|
|
A533F |
TGCCAGCCGCCGCGGTAA |
18 |
|
|
15551/34593-2176 |
|
|
A856F |
TAAAAGGAATTGGCGGGGGA |
20 |
|
|
34/34593-0 |
|
|
A934R |
GTGCTCCCCCGCCAATTCCT GTGCTCCCCCGCCAATTCC TGCTCCCCCGCCAATTCCT GCTCCCCCGCCAATTCCT GTGCTCCCCCGCCAATTC |
20 19 19 18 18 |
|
|
17658/34593-15 17758/34593-15 19404/34593-15 19591/34593-19 17815/34593-15 |
|
|
A1354R |
TGACGGGCGGTGTGTGCAAG |
20 |
|
|
2709/34593-21793 |
|
真菌 |
NS1F |
GTAGTCATATGCTTGTCTC (19~38) CCAGTAGTCATATGCTTGTC (17~36) |
19 20 |
|
47
|
8973/279,862 8048 |
|
|
？ |
ATCAATGTCTTCGGACTCTT (222~241) |
|
|
|
|
|
|
？ |
CTGCCTTCCTTGGATGTGGT (407~426) |
|
|
|
|
|
|
NS2R |
GGCTGCTGGCACCAGACTTG (反向，与NS3 互补) |
20 |
|
58 |
34765/279,862 |
|
|
NS3F |
CAAGTCTGGTGCCAGCAGCC (554~573) |
20 |
|
58 |
2656 |
|
|
NS4R |
CTTCCGTCAATTCCTTTAAG (反向，与NS5互补) |
20 |
|
48 |
|
|
|
NS5F |
CTTAAAGGAATTGACGGAAG (1131~1150) |
20 |
|
48 |
|
|
|
NS6R |
GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC (反向，与NS7互补) CAGACCTGTTATTGCCTC |
24 18 |
|
57 48 |
|
|
|
NS7F |
GAGGCAATAACAGGTCTG ATAACAGGTCTGTGATGC GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC (1412~1436) |
18 18 24 |
|
48 46 57 |
17364
|
|
|
NS8R |
TCCGCAGGTTCACCTACGGA (1769~1788) GCAGGTTCACCTACGGA |
20 17 |
|
56 49 |
4324 |
|
|
EF4F |
GGAAGGGRTGTATTTATTAG GGAAGGGATGTATTTATTAG GGAAGGGGTGTATTTATTAG |
20 20 20 |
|
|
2656 3036 |
|
|
fung5R |
GTAAAAGTCCTGGTTCC |
17 |
|
|
3257 |
|
|
EF3R |
TCCTCTAAATGACCAAGTTTG |
21 |
|
|
|
|
|
fung |
ATTCCCCGTTACCCGTTG |
18 |
|
|
|
|
|
FF1 |
AACTTAAAGGAATTGACGGAAG |
22 |
|
|
|
|
|
FR1 |
GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC |
24 |
|
|
|
|
|
ITS1F |
TCCGTAGGTGAACCTGCGG |
19 |
|
|
|
|
|
ITS4R |
TCCTCCGCTTATTGATATGC |
20 |
|
|
|
|
|
GC clamp |
CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGGCCCGCCGCCCCCGCCCC CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGG |
40 40 40 |
|
|
Muzyer |
MW=A碱基数×312＋C碱基数×288＋G碱基数×328＋T碱基数×303－61。
R＝A／G，Y＝C／T，M＝A／C，K＝G／T，S＝C／G，W＝A／T，H＝A／C／T，B＝C／G／T，V＝A／C／G，D＝A / G / T，N=A／C／G / T。
古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、广域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、动物和植物。
Nuclear Primers - 18S rRNA
|
Name |
Primer Sequence |
Tm |
|
NS1 |
GTAGTCATATGCTTGTCTC |
49 |
|
CNS1 |
GAGACAAGCATATGACTACTG |
55 |
|
NS2 |
GGCTGCTGGCACCAGACTTGC
|
65 |
|
|
GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC |
|
|
NS3 |
GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC |
65 |
|
NS4 |
CTTCCGTCAATTCCTTTAAG |
{62} |
|
NS5 |
AACTTAAAGGAATTGACGGAAG |
55 |
|
NS6 |
GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC |
{72} |
|
NS7 |
GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC |
{72} |
|
NS8 |
TCCGCAGGTTCACCTACGGA |
59 |
|
TW9 |
TAAGCCATGCATGTCT |
|
|
TW10 |
GCGGTAATTCCAGCTCC |
|
|
TW11 |
GGAGTGGAGCCTGCGGCT |
|
|
TW12 |
AAGTCGTAACAAGGTTT |
53 |
|
CTW12 |
AAACCTTGTTACGACTT |
53 |
|
NS17 |
CATGTCTAAGTTTAAGCAA |
55 |
|
NS18 |
CTCATTCCAATTACAAGACC |
60 |
|
NS19 |
CCGGAGAAGGAGCCTGAGAAAC |
74 |
|
NS20 |
CGTCCCTATTAATCATTACG |
61 |
|
NS21 |
GAATAATAGAATAGGACG |
50 |
|
NS22 |
AATTAAGCAGACAAATCACT |
57 |
|
NS23 |
GACTCAACACGGGAAACTC |
64 |
|
NS24 |
AAACCTTGTTACGACTTTTA |
58 |
|
NS25 |
GTGGTAATTCTAGAGCTAATACT |
|
|
CNS25 |
ATGTATTAGCTCTAGAATTACCAC |
|
|
NS26 |
CTGCCCTATCAACTTTCGA |
|
|
CNS26 |
TCGAAAGTTGATAGGGCAG |
|
|
NS1.5R |
TCTAGAGCTAATACATGC(T/C)G |
52 |
|
NS2.8R |
GGCCCTCAAATCTAAGGATT |
53 |
|
CNS2.8R |
AATTTGCGCGCCTGCTGCAA |
57 |
|
NS3.2R |
CGTATATTAAAATTGTTGAC |
45 |
|
CNS3.3R |
GACTACGAGCTTTTTAACGT |
51 |
|
CNS3.5R |
TTTCGCAGTAGTTTGTCTTA |
49 |
|
NS3.6R |
CAAACTACTGCGAAAGCATC |
53 |
|
CNS3.6R |
AATGAAGTCATCCTTGGCAG |
53 |
|
Forward Primer |
Forward Matches |
Reverse Primer |
Reverse Matches |
Both Matches |
||
|
27F |
AGTTTGATCATGGCTCAG |
18772 |
519R |
GTATTACCGCGGCTGCTG |
126165 |
13876 |
|
50F |
ACACATGCAAGTCGAACG |
112962 |
519R |
GTATTACCGCGGCTGCTG |
178696 |
83485 |
|
50F+1 |
AACACATGCAAGTCGAACG |
98064 |
519R |
GTATTACCGCGGCTGCTG |
170568 |
71556 |
|
341F |
CCTACGGGAGGCAGCAG |
148260 |
907R |
CCGTCAATTCCTTTGAGTT |
122091 |
114093 |
|
|
|
|
|
|
|
|
